L’attuale chiesa di Bonavigo è alquanto recente. Infatti l’antico luogo di culto fu demolito al termine del Secondo conflitto mondiale per i danni subiti durante i bombardamenti che le forze alleate effettuarono nel tentativo riuscito di abbattere il ponte sull’Adige. Terminata la guerra sorse il problema di dove ricostruire la chiesa e i vari edifici pubblici andati distrutti.
I primi anni del dopoguerra furono difficili per la vita civile e religiosa. Il parroco fu costretto a celebrare, in mezzo a tanti disagi, le funzioni religiose in due chiesette distanti dal centro del paese. Si fece ricorso alla Pieve di Santa Maria della Ciusara, già parrocchiale, e alla chiesa della frazione di Pilastro. Tutto questo durò circa dieci anni.
Dopo forti contrasti nel 1951, la ricostruzione del paese finalmente prese l’avvio e si decise di edificare sui terreni donati dalla signorina Lugo, i quali si trovavano presso l’argine dell’Adige. Si iniziò a costruire con i soldi ricevuti dallo Stato, come risarcimento dei danni subiti, con la realizzazione dell’asilo, del municipio e delle scuole elementari, seguendo il progetto stilato dall’architetto Paolo Rossi Paoli di Roma.
Difficile dire se la vecchia chiesa fosse di grande pregio o meno. Si sa che era composta da un’unica navata, che c’erano cinque altari di fattura alquanto modesta, mentre poco o nulla si conosce delle pitture presenti.
L’attuale chiesa parrocchiale fu innalzata nel 1955, su disegno dell’architetto Paolo Rossi Paoli, in stile “romanico moderno”, e consacrata il 13 ottobre 1956, dall’arcivescovo Monsignor Giovanni Urbani. Si presenta tutta in cotto con linee semplici; la facciata a capanna è ingentilita da un trittico in marmo bianco posto sopra il portale d’accesso. Il bassorilievo, eseguito dallo scultore trentino Castelbarco, rappresenta il Cristo Trionfante, con ai lati il Battesimo di Gesù e la Decollazione di san Giovanni.
All’interno, composto da un’unica navata, si conserva una delle maggiori testimonianze storico-artistiche presenti sul territorio. Dietro l’altar maggiore vi è appesa una pala di grandi dimensioni realizzata da Francesco Montemezzano, la quale decorava l’altare maggiore del vecchio luogo di culto ed è intitolata a San Giovanni Battista, rappresentando in maniera elegante la nascita del Santo.
Di questa pala si parlò molto, poiché fu attribuita da alcuni studiosi a Paolo Cagliari mentre altri la avvicinarono a Paolo Farinati. Dopo un recente restauro venne attribuita in maniera definitiva a Francesco Montemezzano, allievo di Paolo Cagliari, nato a Mezzane di Sotto nel 1555, che la dipinse verso la fine del secolo.
Oltre alla pala citata, si conserva anche una Madonna del Rosario di autore ignoto, due statue di pregevole fattura — una dello scultore Carli che rappresenta San Giovanni Battista, l’altra dello scultore Righetti che rappresenta Sant’Antonio da Padova. Inoltre vi è un pregevole Crocifisso del 1700, una tela raffigurante la Sacra Famiglia eseguita da un artista del paese ed è presente un vibrante quadro raffigurante il Battista, eseguito dalla pittrice Betty Nascimbeni e donato alla parrocchia come ex voto nel 2002.